南日本銀行は、2020 年 7 月 12 日（日）に同行頴娃支店（南九州市頴娃町郡 1424 番地）に勤務している職員１名が新型コロナウイルスに感染していることが判明、公表した。
感染者が発生した頴娃支店は、関係機関と連携を取りながら感染拡大防止のため、現時点で以下の対応を進めている。
・銀行内、銀行外における濃厚接触者の確認
・濃厚接触の可能性のある職員に対する自宅待機の指示、及びその健康状態の経過確認
該当店は顧客と職員の安全を最優先に考え、店内及びＡＴＭコーナーの消毒作業を実施するため、7 月 13 日（月）より臨時休業する。